Следует отметить, что у гигиенической гипотезы имеются свои слабые стороны. Например, эта идея не объясняет, почему аллергические заболевания (хоть и в меньшей степени), но встречаются в развивающихся странах. Кроме того, установлено, что контакт с некоторыми вирусами и бактериями, напротив, увеличивает риск развития аллергических заболеваний или астмы. А что касается уборки жилых помещений, то среди ученых до сих пор идут дискуссии, что именно провоцирует аллергию — удаление микробов или же действие дезинфицирующих средств.