Влияние штамма «омикрон» на течение эпидемического процесса

Формирование в течение короткого времени устойчивых мутаций у штаммов является «визитной карточкой» нового коронавируса SARS-CoV-2.

Как был обнаружен штамм «омикрон»

В лабораторном образце от больного COVID-19, взятом 9 ноября 2021 года в ЮАР, был обнаружен новый мутировавший штамм коронавируса, обозначенный как B.1.1.529. В конце ноября 2021 года Техническая консультативная группа ВОЗ по эволюции вируса SARS-CoV-2 (TAG-VE) отнесла новую мутацию коронавируса B.1.1.529 к вариантам, вызывающим опасения (VOC), позднее ВОЗ присвоила новому штамму SARS-CoV-2 литеру «омикрон» [1,2].

В ноябре в южноафриканской провинции Гаутенг наблюдался рост показателей заболеваемости COVID-19, особенно среди лиц детского и юношеского возраста. Секвенирование геномов позволило выявить новый штамм B.1.1.529 «омикрон» практически во всех собранных образцах. Отмечен также случай прорывной инфекции у полностью привитого пациента. В настоящее время рядом ученых высказывается предположение, что мутационная эволюция вируса произошла в организме человека, страдающего длительной иммуносупрессией (например ВИЧ-инфекцией) или продолжительной инфекцией COVID-19 [3].

Мутации у пациентов с ослабленным иммунитетом

В статье авторов [4] приводится наблюдение за ВИЧ-инфицированным пациентом, у которого вирус SARS-CoV-2 эволюционировал в течение полугода, при этом больной заразился сначала штаммом «бета», а затем штаммом «дельта». Исследователи установили, что мутации коронавируса в организме иммунно-ослабленного больного привели к формированию штамма, демонстрировавшего не только уклонение от поствакцинального иммунитета, но и от иммунитета против штамма «дельта».

К слову сказать, российские ученые одними из первых доказали факт формирования мутаций коронавируса у пациентов с подавленным иммунитетом, при этом сами мутации увеличивали трансмиссивность вируса и помогали ему уйти от иммунного ответа. Аналогичный процесс наблюдается при так называемом долгом COVID-19, когда инфекция и ее последствия продолжаются в течение достаточно длительного времени. Так, в научной работе 2021 года авторы описали случай формирования более 40 мутаций вируса SARS-CoV-2 у пациентки с неходжкинской лимфомой, 318 дней переносившей заболевание COVID-19 и у которой полностью отсутствовали собственные нейтрализующие антитела. У данной больной был подавлен B-клеточный иммунитет, но отмечалась активизация Т-клеточного иммунного ответа. По мнению авторов, геномные изменения коронавируса были связаны с необходимостью ухода SARS-CoV-2 именно от воздействия цитотоксических Т-лимофцитов, т.е. Т-клеточного иммунитета, поскольку мутации предотвращали связывание антигенов коронавируса с молекулами HLA (антигены гистосовместимости) [5].

Ключевые мутации штамма «омикрон»

На сегодняшний день в штамме «омикрон» выявлено около 60 мутаций, из них 32 приходятся на «эталонный», уханьский штамм 2019 года. Наиболее значимые мутации связаны с рецептор-связывающим доменом (RBD) шиповидного S-белка коронавируса. Специфические мутации штамма «омикрон» (например, мутации P681H и N679K в сайте расщепления S-белка протеазой фурином) имеют риск увеличения трансмиссивности, другие мутации формируют уклонение от врожденного или адаптивного иммунного ответа [6,7,8].

RBD-домен содержит 15 новых мутаций, приводящих к замене аминокислот в самом белковом рецепторе. Важно отметить, что подобные аминокислотные могут изменять электрический заряд поверхности белка, что влияет на процесс связывания противовирусных нейтрализующих антител с RBD-доменом. Такими значимыми заменами являются T478K и N440K. Исследования авторов показали относительное снижение аффинности (сила взаимодействия антигена и антитела) C105, CC12.1, CC12.3 и CV30 к RBD-домену штамма «омикрон». Однако данные антитела связываются S-белком коронавируса, измененным в результате мутаций. По мнению авторов, существенных конфирмационных изменений в геноме нового штамма «омикрон» все же не произошло [9].

Повышение инфекционности штамма «омикрон» из-за мутаций R203K и G204R связывают также с заменами одних аминокислот на другие в N-белке [10].

Насколько быстро распространяется «омикрон»: показатель Rt

Показатель степени распространенности штамма «омикрон» (Rt) составил 0,8 — 2,5: это очень высокие значения [11,12 ].

Так, например, превышение показателя Rt выше значения 1,0 требует от властей применения специальных защитных мер, вплоть до локдауна, если значение менее 0,9 — возможны послабления эпидемического режима [13].

Клиническое течение и летальные случаи

С точки зрения клинической симптоматики, ассоциированной с новым коронавирусным штаммом «омикрон», следует отметить, что литературные источники не изобилуют информацией о тяжелом течении инфекции. Большинство авторов сообщают о легких симптомах, не требующих госпитализации или применения аппаратов ИВЛ. Есть сведения о заражении штаммом «омикрон» пациента, ранее вакцинированного от COVID-19 [14].

Вместе с тем, в США впервые зафиксирован смертельный случай от нового штамма. Пострадавшим оказался невакцинированный мужчина 50 лет, страдающий комплексом хронических заболеваний. Да и сам «омикрон» — вариант в США выявлен более чем в 73% случаев среди инфицированных лиц. В некоторых регионах США, в том числе на юго-востоке и северо-западе страны, доля заразившихся «омикрон»-штаммом превышает 90% [15].

Аналогичный случай гибели пациента от коронавирусной инфекции, вызванной штаммом «омикрон», зарегистрирован в Великобритании [16].

Как вакцины работают против «омикрона»

Следует отметить, что, по данным НИИ им.Н.Ф. Гамалеи, у лиц, привившихся ранее (до полугода) вакциной «Спутник-V», вирус-нейтрализирующая активность сыворотки крови (ВНА) против штамма «омикрон» снизилась примерно в 3—7 раз. Тем не менее, поскольку вакцина «Спутник V» вызывает сильный и продолжительный Т-клеточный иммунный ответ, а мутационная неизмененность эпитопов S-белка у штамма «омикрон» составляет около 80%, данный факт, по мнению специалистов, является достаточно обнадеживающим для формирования успешной противовирусной защиты. Бустерная вакцина «Спутник Лайт» существенно увеличивает параметр ВНА, а ожидаемая эффективность применения вакцин «Спутник V» и «Спутник Лайт» может составить более 80% [17].

Согласно работе, проведенной в Институте исследований в области здравоохранения Африки (Дурбан, ЮАР), установлено, что титры нейтрализующих антител у лиц, иммунизированных вакциной Pfizer-BioNTech при «омикрон»-варианте, снизились в 41 раз (!): так, против старого «уханьского» штамма показатель составил 1321, для штамма «омикрон» — 32. Ученые из Университета Гете (Франкфурт, Германия) представили следующие результаты: по две дозы вакцин BioNTech и Moderna, затем по одной дозе вакцин AstraZeneca и BioNTech выявили через 6 месяцев после вакцинации 0% нейтрализующих антител для штамма «омикрон». Через три месяца после вакцинации тремя дозами вакцины BioNTech уровень нейтрализующих «омикрон» антител составил 25%, но для штамма «дельта» аналогичный показатель находился в районе 95%. Однако авторы работ отмечают, что все вышеперечисленные вакцины вызывают хороший цитотоксический (CD8 + клетки) Т-клеточный иммунный ответ. В этой связи перспективы у существующих и перспективных вакцин в отношении «омикрона» — обнадеживающие [18].

Выводы

Итак, подведем итоги. На основе рассмотренных нами научных публикаций: пандемия COVID-19 продолжается, новый штамм «омикрон» завоевывает мир. Но этот вариант коронавируса, по словам исследователей, может стать как «темным периодом», обеспечивающим новый, тяжелый всплеск инфекции, так и «ложной тревогой», хотя в любом случае необходимо тщательно отрабатывать каждый из этих сценариев [19].

Оказать положительное влияние на течение общемирового эпидемического процесса, представленного всеми штаммами коронавируса SARS-CoV-2, сможет массовая вакцинация во всех странах — этот тезис был задекларирован авторами на ранней стадии пандемии, еще в 2019 году. Необходима ясная и прозрачная коммуникация на равноправной основе между научным сообществом и общественностью [20,21].

И именно сейчас, более чем когда-либо, существует необходимость найти баланс между подготовкой к худшему и надеждой на лучшее [22].

Материал носит информационный характер и не заменяет консультацию врача. При симптомах заболевания обратитесь к специалисту.